Водопользователи — это субъекты хозяйствования, которые используют воду, полученную путём её забора из водных объектов, как первичные водопользователи или другие водопользователи, как вторичные водопользователи, а также использующие воду для нужд гидроэнергетики, водного транспорта и рыбоводства.
Не уплачивают сбор те водопользователи, которые используют воду исключительно для удовлетворения питьевых и санитарно-гигиенических нужд.В случае, если вода используется на другие нужды, уплачивается сбор на общих основаниях. Объём фактически использованной воды вычисляется водопользователями самостоятельно согласно показаниям измерительных приборов, а при их отсутствии — по технологическим данным. В случае превышения установленного годового лимита использования воды, сбор взимается в пятикратном размере объёмов использованной воды сверх установленного лимита.
Налоговая декларация по сбору за специальное использование воды подаётся в налоговой инспекции ежеквартально нарастающим итогом с начала года. Одновременно предоставляются копии разрешения на специальное водопользование, договор на поставку воды и статистическая отчётность об использовании воды.